第一，我国教育指标体系实际上是一种教育统计数据的集合，各指标之间缺乏逻辑的联系和内在的联系，其本身并没有一定的理论基础，同时也没有自己的理论分析框架。

　　第二，我国教育指标体系在描述我国教育发展情况时，并没有通过指标来分析当前我国的人口、社会、经济发展与教育的互动关系。

　　第三，反映教育产出与效率的指标薄弱。制定教育指标体系的目的是评价教育质量，提高教育资源使用效率，为国家制定教育发展的政策提供依据，但在我国的教育指标体系中未见到产出指标，因此我们无法衡量我国义务教育的质量，无法评价扩招后高等教育的质量问题。同时反映出教育投资使用效率的指标不完整，无法知道教育资源是否存在浪费过大、效率不高的现象。

　　第四，我国教育指标体系并未借鉴或采用联合国教科文组织制定的《国际教育标准分类》，从而使得我们无法将我国的教育发展同世界其他国家进行比较，无法真正认清我国在世界中所处的地位，无法充分借鉴其他国家教育的先进经验。

　　第五，从综合评价方法的角度看，国内教育指标体系研究尚未采用一些统计方法，还处于理论研究阶段。